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301185 VO Structural Bioinformatics I (2019W)

3.00 ECTS (2.00 SWS), SPL 30 - Biologie

An/Abmeldung

Details

Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Preliminary meeting with the students: Seminar Room VBC 5
Friday, October 11, 11-12

Lectures: Computer Room VBC 5
Mo 13 January 10-12, 13-16
Tu 14 January 10-12, 13-16
We 15 January 10-12, 13-16
Th 16 January 10-12, 13-16
Fr 17 January 10-12, 13-16

Exams:
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Freitag 11.10. 11:00 - 12:00 STB/Seminarraum Strukturchemie Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien (Vorbesprechung)
Montag 13.01. 13:00 - 16:00 STB/EDV-Raum Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
Dienstag 14.01. 10:00 - 12:00 STB/EDV-Raum Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
Dienstag 14.01. 13:00 - 16:00 STB/EDV-Raum Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
Mittwoch 15.01. 10:00 - 12:00 STB/EDV-Raum Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
Mittwoch 15.01. 13:00 - 16:00 STB/EDV-Raum Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
Donnerstag 16.01. 10:00 - 12:00 STB/EDV-Raum Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
Donnerstag 16.01. 13:00 - 16:00 STB/EDV-Raum Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
Freitag 17.01. 10:00 - 12:00 STB/EDV-Raum Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
Freitag 17.01. 13:00 - 16:00 STB/EDV-Raum Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Programme Introduction to the molecular graphics and analysis of the most common protein folds with RasMol, Pymol and Chimera. Measurements of structural similarity between proteins, theory and applications (Dalilite, CE, PDBeFold and other tools). Databases of macromolecular structures: the Protein Data Bank, the wwPDB and the ePDB. Databases of structural domains: CATH, SCOP, and SCOP2. Databases of protein domains: Pfam, InterPro, InterProScan. Databases of computational models: ModBase and BioModels. Validation of experimental macromolecular structures. The problem of data redundancy.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Schriftliche Abschlussprüfung

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Prüfungsstoff

Literatur


Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MMB II-2, MMB W-2, MGE III-2, MMEI III, M-WZB, PhD MB 1,UF MA BU 01, UF MA BU 04

Letzte Änderung: Mo 14.10.2019 13:48