301185 VO Structural Bioinformatics I (2019W)

3.00 ECTS (2.00 SWS), SPL 30 - Biologie

Moodle; Mo 13.01. 10:00-12:00 STB/EDV-Raum Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien

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Details

Sprache: Englisch

Lehrende

Oliviero Carugo

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Preliminary meeting with the students: Seminar Room VBC 5
Friday, October 11, 11-12

Lectures: Computer Room VBC 5
Mo 13 January 10-12, 13-16
Tu 14 January 10-12, 13-16
We 15 January 10-12, 13-16
Th 16 January 10-12, 13-16
Fr 17 January 10-12, 13-16

Exams:
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    Freitag
    11.10.
    11:00 - 12:00
    STB/Seminarraum Strukturchemie Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
    (Vorbesprechung)
  
    N
    Montag
    13.01.
    10:00 - 12:00
    STB/EDV-Raum  Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
    
    Montag
    13.01.
    13:00 - 16:00
    STB/EDV-Raum  Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
    
    Dienstag
    14.01.
    10:00 - 12:00
    STB/EDV-Raum  Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
    
    Dienstag
    14.01.
    13:00 - 16:00
    STB/EDV-Raum  Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
    
    Mittwoch
    15.01.
    10:00 - 12:00
    STB/EDV-Raum  Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
    
    Mittwoch
    15.01.
    13:00 - 16:00
    STB/EDV-Raum  Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
    
    Donnerstag
    16.01.
    10:00 - 12:00
    STB/EDV-Raum  Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
    
    Donnerstag
    16.01.
    13:00 - 16:00
    STB/EDV-Raum  Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
    
    Freitag
    17.01.
    10:00 - 12:00
    STB/EDV-Raum  Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
    
    Freitag
    17.01.
    13:00 - 16:00
    STB/EDV-Raum  Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Programme Introduction to the molecular graphics and analysis of the most common protein folds with RasMol, Pymol and Chimera. Measurements of structural similarity between proteins, theory and applications (Dalilite, CE, PDBeFold and other tools). Databases of macromolecular structures: the Protein Data Bank, the wwPDB and the ePDB. Databases of structural domains: CATH, SCOP, and SCOP2. Databases of protein domains: Pfam, InterPro, InterProScan. Databases of computational models: ModBase and BioModels. Validation of experimental macromolecular structures. The problem of data redundancy.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Schriftliche Abschlussprüfung

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Prüfungsstoff

Literatur

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MMB II-2, MMB W-2, MGE III-2, MMEI III, M-WZB, PhD MB 1,UF MA BU 01, UF MA BU 04

Letzte Änderung: Mo 14.10.2019 13:48