Universität Wien FIND

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301185 VO Structural Bioinformatics I (2021W)

3.00 ECTS (2.00 SWS), SPL 30 - Biologie
VOR-ORT

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

Sprache: Englisch

Lehrende

Termine

When: from Monday (January 17th 2022) to Friday (January 21st 2022): 10-12 and 13 -16 h
Where: PC room - VBC5 OR Zoom (depending on the pandemics).
Exams: 25/02, 18/03, 23/03, 20.03 (9.30 AM), and on appointment if needed


Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Programme Introduction to the molecular graphics and analysis of the most common protein folds with RasMol, Pymol and Chimera. Measurements of structural similarity between proteins, theory and applications (Dalilite, CE, PDBeFold and other tools). Databases of macromolecular structures: the Protein Data Bank, the wwPDB and the ePDB. Databases of structural domains: CATH, SCOP, and SCOP2. Databases of protein domains: Pfam, InterPro, InterProScan. Databases of computational models: ModBase and BioModels. Validation of experimental macromolecular structures. The problem of data redundancy.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

mündliche Prüfung

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Der Student muss in der Lage sein, zwei dreidimensionale Proteinstrukturen zu vergleichen, die wichtigsten biologischen Datenbanken zu kennen und grundlegende Übungen der Molekulargraphik zu lösen.

Prüfungsstoff

Here is a list of specific topics: Superposition, rmsd, m-score, TM-score, techniques of superposition, basic database theory, PDB, CATH, SCOP, ModBase, DisProt, MobiDB, representativeness and redundancy, PISCES, PDBselect.

Literatur


Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MMB II-2, MMB W-2, MGE III-2, MMEI III, M-WZB, PhD MB 1,UF MA BU 01, UF MA BU 04

Letzte Änderung: Di 14.09.2021 16:09