Universität Wien

301185 VO Structural Bioinformatics I (2022W)

3.00 ECTS (2.00 SWS), SPL 30 - Biologie
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Details

Sprache: Englisch

Prüfungstermine

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Schedule:
October 2022 the 7th from 13 to 14 (Preliminary meeting)
January 2023 the 16th from 10 to 12 and from 13 to 17
January 2023 the 17th from 10 to 12 and from 13 to 17
January 2023 the 18th from 10 to 12 and from 13 to 17
January 2023 the 19th from 10 to 12 and from 13 to 17
January 2023 the 20th from 10 to 12 and from 13 to 17

  • Freitag 07.10. 13:00 - 14:00 STB/Seminarraum Strukturchemie Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien (Vorbesprechung)
  • Montag 16.01. 10:00 - 17:00 CCR03-Raum 1.113 Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
  • Dienstag 17.01. 10:00 - 17:00 CCR03-Raum 1.113 Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
  • Mittwoch 18.01. 10:00 - 17:00 CCR03-Raum 1.113 Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
  • Donnerstag 19.01. 10:00 - 17:00 CCR03-Raum 1.113 Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
  • Freitag 20.01. 10:00 - 17:00 CCR03-Raum 1.113 Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Programme Introduction to the molecular graphics and analysis of the most common protein folds with RasMol, Pymol and Chimera. Measurements of structural similarity between proteins, theory and applications (Dalilite, CE, PDBeFold and other tools). Databases of macromolecular structures: the Protein Data Bank, the wwPDB and the ePDB. Databases of structural domains: CATH, SCOP, and SCOP2. Databases of protein domains: Pfam, InterPro, InterProScan. Databases of computational models: ModBase and BioModels. Validation of experimental macromolecular structures. The problem of data redundancy.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

mündliche Prüfung

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Der Student muss in der Lage sein, zwei dreidimensionale Proteinstrukturen zu vergleichen, die wichtigsten biologischen Datenbanken zu kennen und grundlegende Übungen der Molekulargraphik zu lösen.

Prüfungsstoff

Here is a list of specific topics: Superposition, rmsd, m-score, TM-score, techniques of superposition, basic database theory, PDB, CATH, SCOP, ModBase, DisProt, MobiDB, representativeness and redundancy, PISCES, PDBselect.

Literatur

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MMB II-2, MMB W-2, MMB III-1a.,MGE III-2, MMEI III, PhD MB 1,UF MA BU 01, UF MA BU 04

Letzte Änderung: Di 12.12.2023 11:07