Universität Wien

301214 UE Toolkit für in silico Sequenzanalysen (2018W)

vormals UE IIIB

3.00 ECTS (2.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

Zusammenfassung

1 Kovarik , Moodle
2 Eislmayr , Moodle
3 Dammermann , Moodle

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").
An/Abmeldeinformationen sind bei der jeweiligen Gruppe verfügbar.

Gruppen

Gruppe 1

max. 18 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch
Lernplattform: Moodle

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Verpflichtende Vorbesprechung: 1.10.2018, 12.00 Uhr
SR 1/BZB, Dr. Bohrgasse 9, 1030 Wien
Termin: 5.- 9.11.2018, 9.00 - 17.00 Uhr
Ort: BZB, EDV-Kursraum, Dr. Bohrgasse, 1030 Wien

Wenn die Lehrveranstaltung bereits im Bachelorstudium absolviert wurde, kann sie im Masterstudium (A 066830, A 066 834, A 066 877) nicht anerkannt werden.

Siehe auch Studentenseite der Departments:
http://molekularebiologie.univie.ac.at/

  • Montag 01.10. 12:00 - 13:00 BZB/Seminarraum 1/2, 6.Ebene 6.501/6.504, Dr.-Bohr-Gasse 9, 1030 Wien
    BZB/Seminarraum 1/2, 6.Ebene 6.501/6.504, Dr.-Bohr-Gasse 9, 1030 Wien     (Vorbesprechung)
  • Montag 05.11. 09:00 - 17:00 BZB/Seminarraum 3, 6.Ebene 6.105, Dr.-Bohrgasse 9, 1030 Wien
  • Dienstag 06.11. 09:00 - 17:00 BZB/Seminarraum 3, 6.Ebene 6.105, Dr.-Bohrgasse 9, 1030 Wien
  • Mittwoch 07.11. 09:00 - 17:00 BZB/Seminarraum 3, 6.Ebene 6.105, Dr.-Bohrgasse 9, 1030 Wien
  • Donnerstag 08.11. 09:00 - 17:00 BZB/Seminarraum 3, 6.Ebene 6.105, Dr.-Bohrgasse 9, 1030 Wien
  • Freitag 09.11. 09:00 - 17:00 BZB/Seminarraum 3, 6.Ebene 6.105, Dr.-Bohrgasse 9, 1030 Wien

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

This practical course teaches fundamental tools for computer work in molecular biosciences. The course includes:
• design of CRIPSR/Cas9-mediated genome editing
• in silico plasmid cloning
• design and analysis of quantitative PCR experiments
• search and analysis of DNA and protein sequences (NCBI, EBI, GENEBANK, ENSEMBL, UNIPROT)
• homology analysis and sequence comparison (BLAST, FASTA, EMBOSS)
• identification of protein domains (multiple sequence alignment, PROSITE)
• gene finding algorithms (EMBOSS)
• 3D protein structure (PDB, PDB viewers)
• navigation in literature databases (PUBMED)

Requirements: basic computer knowledge and Course III A: Laboratory Work in Molecular Biology

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Evaluation mode:
• Active participation (25%)
• Written report (25%)
• Exam (50%): Oral or written at the course end. Complex task including sequence assembly, gene finding and retrieval, sequence homology search, DNA translation, pairwise sequence alignment, multiple sequence alignment, mutation identification at DNA and protein level, protein domain analysis, cloning

Gruppe 2

max. 18 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch
Lernplattform: Moodle

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Verpflichtende Vorbesprechung: 1.10.2018,12.00 Uhr
SR 1/BZB, Dr. Bohrgasse 9, 1030 Wien
Termin: 19.- 23.11.2018, 9.00 - 17.00 Uhr
Ort: BZB, EDV-Kursraum, Dr. Bohrgasse, 1030 Wien

Wenn die Lehrveranstaltung bereits im Bachelorstudium absolviert wurde, kann sie im Masterstudium (A 066830, A 066 834, A 066 877) nicht anerkannt werden.

Siehe auch Studentenseite der Departments: http://molekularebiologie.univie.ac.at/

  • Montag 01.10. 12:00 - 13:00 BZB/Seminarraum 1/2, 6.Ebene 6.501/6.504, Dr.-Bohr-Gasse 9, 1030 Wien
  • Montag 19.11. 09:00 - 17:00 BZB/Seminarraum 3, 6.Ebene 6.105, Dr.-Bohrgasse 9, 1030 Wien
  • Dienstag 20.11. 09:00 - 17:00 BZB/Seminarraum 3, 6.Ebene 6.105, Dr.-Bohrgasse 9, 1030 Wien
  • Mittwoch 21.11. 09:00 - 17:00 BZB/Seminarraum 3, 6.Ebene 6.105, Dr.-Bohrgasse 9, 1030 Wien
  • Donnerstag 22.11. 09:00 - 17:00 BZB/Seminarraum 3, 6.Ebene 6.105, Dr.-Bohrgasse 9, 1030 Wien
  • Freitag 23.11. 09:00 - 17:00 BZB/Seminarraum 3, 6.Ebene 6.105, Dr.-Bohrgasse 9, 1030 Wien

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Die Lehrveranstaltung vermittelt Grundlagen über den Computereinsatz in der modernen molekularbiologischen Forschung: Suche, Herunterladen und Analyse von DNA- und Protein-Sequenzen unter Einsatz lokaler und Internet-basierender Ressourcen.

Prüfung: schriftlich am Ende der Übung

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Verpflichtende Anwesenheit. Die Beurteilung basiert auf folgenden Teilleistungen: Aktive Teilnahme und Ergebnis der Versuche, schriftliches Protokoll, theoretisches Wissen und Abschlussprüfung (die prozentuelle Aufteilung der Teilleistungen wird vom Kursleiter bekanntgegeben). Jede der Teilleistungen muss positiv sein.

Gruppe 3

max. 18 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch
Lernplattform: Moodle

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Verpflichtende Vorbesprechung : 1.10.2018; 12:00 Uhr
SR 1/BZB, Dr. Bohrgasse 9, 1030 Wien
Termin: 26.11.- 30.11..2018, 9.00 - 17.00 Uhr
Ort: BZB, EDV-Kursraum, Dr. Bohrgasse, 1030 Wien

Wenn die Lehrveranstaltung bereits im Bachelorstudium absolviert wurde, kann sie im Masterstudium (A 066830, A 066 834, A 066 877) nicht anerkannt werden.

Siehe auch Studentenseite der Departments: http://molekularebiologie.univie.ac.at/

  • Montag 01.10. 12:00 - 13:00 BZB/Seminarraum 1/2, 6.Ebene 6.501/6.504, Dr.-Bohr-Gasse 9, 1030 Wien
  • Montag 26.11. 09:00 - 17:00 BZB/Seminarraum 3, 6.Ebene 6.105, Dr.-Bohrgasse 9, 1030 Wien
  • Dienstag 27.11. 09:00 - 17:00 BZB/Seminarraum 3, 6.Ebene 6.105, Dr.-Bohrgasse 9, 1030 Wien
  • Mittwoch 28.11. 09:00 - 17:00 BZB/Seminarraum 3, 6.Ebene 6.105, Dr.-Bohrgasse 9, 1030 Wien
  • Donnerstag 29.11. 09:00 - 17:00 BZB/Seminarraum 3, 6.Ebene 6.105, Dr.-Bohrgasse 9, 1030 Wien
  • Freitag 30.11. 09:00 - 17:00 BZB/Seminarraum 3, 6.Ebene 6.105, Dr.-Bohrgasse 9, 1030 Wien

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Die Lehrveranstaltung vermittelt Grundlagen über den Computereinsatz in der modernen molekularbiologischen Forschung: Suche, Herunterladen und Analyse von DNA- und Protein-Sequenzen unter Einsatz lokaler und Internet-basierender Ressourcen.

Prüfung: schriftlich am Ende der Übung

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Verpflichtende Anwesenheit. Die Beurteilung basiert auf folgenden Teilleistungen: Aktive Teilnahme und Ergebnis der Versuche, schriftliches Protokoll, theoretisches Wissen und Abschlussprüfung (die prozentuelle Aufteilung der Teilleistungen wird vom Kursleiter bekanntgegeben). Jede der Teilleistungen muss positiv sein.

Information

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Prüfungsstoff

Literatur

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MMB I-2, MMB II-2, MMB III-2, MMB W-2, MGE III-1, MGE III-2, MMEI III, WZB

Letzte Änderung: Do 13.07.2023 00:23