301558 UE UE aus Biomolekularer Simulation (2021S)
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
Labels
DIGITAL
An/Abmeldung
Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").
- Anmeldung von Do 11.02.2021 08:00 bis Mo 15.03.2021 18:00
- Abmeldung bis Mo 15.03.2021 18:00
Details
max. 10 Teilnehmer*innen
Sprache: Deutsch
Lehrende
Termine
-digitale Lehre-
Die Uebung wird waehrend eines Zeitfensters von 6 Wochen "remote"/digital abgehalten. Geplanter Start Mitte/Ende Mai 2021.Es gibt keine fixen Kurszeiten, d.h., Sie arbeiten sich in Ihrem Tempo durch das Material der Uebung. Im traditionellen Uebungsformat betrug die reine Arbeitszeit 10-12 Halbtage.Frage/Antwort Sessions bzw. Arbeit auf HighEnd Grafikworkstations an unserem Institut zur besseren Illustration einzelner Kurselemente nach kurzfristiger Terminvereinbarung waehrend des eigentlichen Kurses (soferne Coronabedingt moeglich).Primaeres Arbeitsgeraet ist Ihr Laptop/Computer!Weitere Informationen auf Moodle bzw. weiteren Plattformen, die verwendet werden.
Information
Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung
Der Kurs ist eine vollstaendige Einfuehrung in das Aufsetzen und Ausfuehren von Molekulardynamiksimulationen von Biomolekuelen. Unter anderem werden behandelt: Kraftfeldterme, Minimierung, numerische Integration der Bewegungsgleichungen, Thermostate, Barostate, periodische Randbedingungen und Ewald Summation. Routineanalysemethoden werden vorgestellt.Teilnehmer arbeiten in einer Webbasierenden Linuxumgebung, die auf einem lokalen Server laeuft. Darin werden die meisten benoetigten Programme, insbesondere CHARMM, zur Verfuegung gestellt. Es kann vom Privat PC / Laptop weitergearbeitet haben. Auf den Computern des PC Pool ist das Visualisierungstool VMD installiert, dieses ist fuer Linux, Windows und Mac frei verfuegbar. Im letzten Abschnitt des Kurses wird der Server www.charmm-gui.org zum Aufsetzen von Simulationen verwendet.
Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel
Kontinuierliche Kontrolle der Mitarbeit, Ausarbeiten von kleinen Uebungen, Abschlussprotokoll.
Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab
Die unter Pruefungstoff (s.u.) angefuehrten Notenbestandteile fuehren auf maximal 6+8+6=20 Punkte. Fuer ein 'genuegend' (4) sind 10 Punkte noetig.
Prüfungsstoff
Regelmaessige Mitarbeit (30%)
Zeitnahe Ausarbeitung der Verstaendnisfragen / kleinen Aufgaben, die das Erlernte testen (40%)
Abschlussprojekt, kurzes Protokoll (30%)
Zeitnahe Ausarbeitung der Verstaendnisfragen / kleinen Aufgaben, die das Erlernte testen (40%)
Abschlussprojekt, kurzes Protokoll (30%)
Zeitnahe Ausarbeitung der Verstaendnisfragen / kleinen Aufgaben, die das Erlernte testen (40%)
Abschlussprojekt, kurzes Protokoll (30%)
Zeitnahe Ausarbeitung der Verstaendnisfragen / kleinen Aufgaben, die das Erlernte testen (40%)
Abschlussprojekt, kurzes Protokoll (30%)
Literatur
Innerhalb der Arbeitsumgebung werden Unterlagen und weiterfuehrendes Material zur Verfuegung gestellt.
www.charmmtutorial.org
Andrew Leach "Molecular Modelling: Principles and Applications"
www.charmmtutorial.org
Andrew Leach "Molecular Modelling: Principles and Applications"
Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis
MMB W-3, MMB W-2
Letzte Änderung: Mi 21.04.2021 11:27