Universität Wien

301577 VO Biomolekulare Simulation (2021S)

3.00 ECTS (2.00 SWS), SPL 30 - Biologie
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Details

Sprache: Deutsch

Prüfungstermine

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

-digitale Lehre-
Maerz bis Mai, jeder Mittwoch 14:15-15:45

  • Mittwoch 03.03. 14:15 - 15:45 Digital
  • Mittwoch 10.03. 14:15 - 15:45 Digital
  • Mittwoch 17.03. 14:15 - 15:45 Digital
  • Mittwoch 24.03. 14:15 - 15:45 Digital
  • Mittwoch 14.04. 14:15 - 15:45 Digital
  • Mittwoch 21.04. 14:15 - 15:45 Digital
  • Mittwoch 28.04. 14:15 - 15:45 Digital
  • Mittwoch 05.05. 14:15 - 15:45 Digital
  • Mittwoch 12.05. 14:15 - 15:45 Digital
  • Mittwoch 19.05. 14:15 - 15:45 Digital
  • Mittwoch 26.05. 14:15 - 15:45 Digital

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Einführung in die Molekulardynamiksimulation (MD) von biologischen Makromolekülen.

1) Physikalische Grundlagen (klass. Mechanik, stat. Thermodynamik)
2) Wichtige verwendete Methoden und Algorithmen, u.a., Verletfamilie von Integratoren, Kraftfeldterme, effiziente Berechnung der nichtbindenden Wechselwirkungen, SHAKE, Thermostate, Barostate, particle-mesh Ewald Methode usw.
3) Auf MD aufbauende Methoden, z.B. Berechnung freier Energie Unterschiede
4) Praktisches Aufsetzen von Simulationen, vom PDB File zum Simulationssystem

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Digitale schriftliche Prüfung mit Angabe zum Download (open book, aber fixer Termin)

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

50% der möglichen Punkte bei der Prüfung

Prüfungsstoff

S. Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Prüfungsfragen testen grundlegendes Wissen von Methodik der MD Simulation sowie dem Aufsetzen von Simulationssystemen, die die Realität so gut wie möglich wiedergeben

Literatur

Zur Vertiefung:

1) Methodik von MD

https://scc.acad.bg/ncsa/articles/library/Library2016_Supercomputers-at-Work/Molecular_Dynamics/Elements-of-Molecular-Dynamics-Smith%20.pdf

(Soweit ich weiss ist das verlinkte PDF File in "the public domain", gerne stelle ich eine lokale Kopie zur Verfuegung)
2) Aufsetzen von Simulationssystemen:
http://charmm-gui.org/?doc=demo

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MMB W-3, MMB W-2

Letzte Änderung: Mi 24.01.2024 00:24