Universität Wien

301577 VO Biomolekulare Simulation (2023S)

3.00 ECTS (2.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Moodle

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Details

Sprache: Deutsch

Prüfungstermine

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Die VO findet ab 1.3.2023 - 7.6.2023 immer Mittwochs von 13:15-14:45 im HS 4 Chemie (Waehringerstr 42, 1090) statt.

Tentative Pruefungstermine (digital via Moodle, 18:30-19:45): 15.6., 13.7., 15.9., Mitte Februar 2024

  • Mittwoch 01.03. 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 08.03. 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 15.03. 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 22.03. 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 29.03. 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 19.04. 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 26.04. 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 03.05. 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 10.05. 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 17.05. 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 24.05. 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 31.05. 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Einführung in die Molekulardynamiksimulation (MD) von biologischen Makromolekülen.

1) Physikalische Grundlagen (klass. Mechanik, stat. Thermodynamik)
2) Wichtige verwendete Methoden und Algorithmen, u.a., Verletfamilie von Integratoren, Kraftfeldterme, effiziente Berechnung der nichtbindenden Wechselwirkungen, SHAKE, Thermostate, Barostate, particle-mesh Ewald Methode usw.
3) Auf MD aufbauende Methoden, z.B. Berechnung freier Energie Unterschiede
4) Praktisches Aufsetzen von Simulationen, vom PDB File zum Simulationssystem

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Digitale schriftliche Prüfung mit Angabe zum Download (open book, aber fixer Termin)

Es werden 4 Termine angeboten, tentativ
15. Juni 2022
11. Juli 2022
15. September 2022
sowie Mitte Dezember 2022.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

50% der möglichen Punkte bei der Prüfung

Prüfungsstoff

S. Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Prüfungsfragen testen grundlegendes Wissen von Methodik der MD Simulation sowie dem Aufsetzen von Simulationssystemen, die die Realität so gut wie möglich wiedergeben

Literatur

Zur Vertiefung:

1) Methodik von MD

https://www.ccp5.ac.uk/sites/www.ccp5.ac.uk/files/DL_POLY/data/4.09/EoMD.v1.2.pdf

(Soweit ich weiss ist das verlinkte PDF File in "the public domain", gerne stelle ich eine lokale Kopie zur Verfuegung)
2) Aufsetzen von Simulationssystemen:
http://charmm-gui.org/?doc=demo

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MMB W-3, MMB W-2, MMB II.

Letzte Änderung: Di 10.10.2023 12:28