301577 VO Biomolekulare Simulation (2024S)
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Details
Sprache: Deutsch
Prüfungstermine
Lehrende
Termine
Pruefungstermine (digital) moechte ich mit Ihnen akkordieren. Ich plane (plus/minus ein paar Tage)
19. Juni 202415. Juli 2024
17. September 2024
Mitte Dezember 2024 oder Mitte Jaenner(2025)Vorlesungen:
Mittwoch 06.03.2024 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42 2H23
Mittwoch 13.03.2024 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42 2H23
Mittwoch 20.03.2024 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42 2H23 (entfaellt vermutlich)
Mittwoch 10.04.2024 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42 2H23
Mittwoch 17.04.2024 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42 2H23
Mittwoch 24.04.2024 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42 2H23
Mittwoch 08.05.2024 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42 2H23
Mittwoch 15.05.2024 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42 2H23
Mittwoch 22.05.2024 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42 2H23
Mittwoch 29.05.2024 13:15 - 14:45 Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42 2H23
Mittwoch 05.06.2024 13:15 - 14:45 Seminarraum 2 Währinger Straße 38 Dekanat 1. Stock 2124 (bei Bedarf)
Information
Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung
Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel
Digitale schriftliche Prüfung mit Angabe zum Download (open book, aber fixer Termin)Es werden 4 Termine angeboten, tentativ
15. Juni 2022
11. Juli 2022
15. September 2022
sowie Mitte Dezember 2022.
15. Juni 2022
11. Juli 2022
15. September 2022
sowie Mitte Dezember 2022.
Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab
50% der möglichen Punkte bei der Prüfung
Prüfungsstoff
S. Ziele, Inhalte und Methode der LehrveranstaltungPrüfungsfragen testen grundlegendes Wissen von Methodik der MD Simulation sowie dem Aufsetzen von Simulationssystemen, die die Realität so gut wie möglich wiedergeben
Literatur
Zur Vertiefung:1) Methodik von MDhttps://www.ccp5.ac.uk/sites/www.ccp5.ac.uk/files/DL_POLY/data/4.09/EoMD.v1.2.pdf(Soweit ich weiss ist das verlinkte PDF File in "the public domain", gerne stelle ich eine lokale Kopie zur Verfuegung)
2) Aufsetzen von Simulationssystemen:
http://charmm-gui.org/?doc=demo
2) Aufsetzen von Simulationssystemen:
http://charmm-gui.org/?doc=demo
Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis
MMB II., MMB IV.
Letzte Änderung: Do 07.11.2024 10:46
2) Wichtige verwendete Methoden und Algorithmen, u.a., Verletfamilie von Integratoren, Kraftfeldterme, effiziente Berechnung der nichtbindenden Wechselwirkungen, SHAKE, Thermostate, Barostate, particle-mesh Ewald Methode usw.
3) Auf MD aufbauende Methoden, z.B. Berechnung freier Energie Unterschiede
4) Praktisches Aufsetzen von Simulationen, vom PDB File zum Simulationssystem