301577 VO Biomolekulare Simulation (2025S)
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Details
Sprache: Deutsch
Prüfungstermine
Lehrende
Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert
- Donnerstag 06.03. 13:00 - 14:30 Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
- Donnerstag 13.03. 13:00 - 14:30 Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
- Donnerstag 20.03. 13:00 - 14:30 Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
- Donnerstag 27.03. 13:00 - 14:30 Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
- Donnerstag 03.04. 13:00 - 14:30 Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
- Donnerstag 10.04. 13:00 - 14:30 Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
- Donnerstag 08.05. 13:00 - 14:30 Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
- Donnerstag 15.05. 13:00 - 14:30 Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
- Donnerstag 22.05. 13:00 - 14:30 Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
- Donnerstag 05.06. 13:00 - 14:30 Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
Information
Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung
Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel
Schriftliche PrüfungEs werden 4 Termine angeboten, tentativ
Mitte Juni, Juli, September, Jaenner (Folgejahr)
Mitte Juni, Juli, September, Jaenner (Folgejahr)
Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab
50% der möglichen Punkte bei der Prüfung
Prüfungsstoff
S. Ziele, Inhalte und Methode der LehrveranstaltungPrüfungsfragen testen grundlegendes Wissen von Methodik der MD Simulation sowie dem Aufsetzen von Simulationssystemen, die die Realität so gut wie möglich wiedergeben
Literatur
Zur Vertiefung:1) Methodik von MDhttps://www.ccp5.ac.uk/sites/www.ccp5.ac.uk/files/DL_POLY/data/4.09/EoMD.v1.2.pdf(Soweit ich weiss ist das verlinkte PDF File in "the public domain", gerne stelle ich eine lokale Kopie zur Verfuegung)
2) Aufsetzen von Simulationssystemen:
http://charmm-gui.org/?doc=demo
2) Aufsetzen von Simulationssystemen:
http://charmm-gui.org/?doc=demo
Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis
MMB II.
Letzte Änderung: Do 03.04.2025 12:06
2) Wichtige verwendete Methoden und Algorithmen, u.a., Verletfamilie von Integratoren, Kraftfeldterme, effiziente Berechnung der nichtbindenden Wechselwirkungen, SHAKE, Thermostate, Barostate, particle-mesh Ewald Methode usw.
3) Auf MD aufbauende Methoden, z.B. Berechnung freier Energie Unterschiede
4) Praktisches Aufsetzen von Simulationen, vom PDB File zum Simulationssystem