Universität Wien

550001 UE Sequencing data analysis and genomics (2024W)

2.00 ECTS (1.00 SWS), SPL 55 - Doktoratsstudium Biologie mit Schwerpunkt Ökologie und Evolution
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
Mo 10.02. 09:45-13:00 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 20 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

  • Donnerstag 13.02. 09:45 - 13:00 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
  • Montag 17.02. 09:45 - 13:00 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
  • Donnerstag 20.02. 09:45 - 11:15 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Practical course on genomics, focused on ancient DNA as well as human and mammalian sequencing data. We will use public data from modern and ancient genomes, filter and analyse this data using common tools, and perform common analysis tasks.
This would involve the processing and QC of sequencing and genotype data, as well as an introduction to the analysis of population relationships (using f-statistics and PCA). All participants will work in an interactive session, either on their own laptop or a PC in the lecture room. Basic knowledge on using the command line interface and bash would be required.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Assessment involves solving an analysis task during the last session.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Attending the practical course is required. The analysis task will be evaluated.

Prüfungsstoff

The analysis task will be closely related to the content of the course.

Literatur

A github repository with all necessary information will be provided.

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

PhD

Letzte Änderung: Mi 31.07.2024 11:06