Universität Wien

570002 WS Data Management in Bioinformatics (2021W)

3.00 ECTS (1.50 SWS), SPL 57 - Doktoratsstudium Biologie mit Schwerpunkt Mikrobiologie und Umweltsyste
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
DIGITAL

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 15 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Begin: 10.11.2021, 9:00 a.m.
10.11.2021, 9:00 - 16:00 The course will be held in-person if possible.
11.11.2021, 9:00 - 16:00 The course will be held in-person if possible.
12.11.2021, 9:00 - 16:00 The course will be held in-person if possible.

  • Mittwoch 10.11. 09:00 - 15:55 Seminarraum 2.1, Biologie Djerassiplatz 1, 2.129, Ebene 2
  • Freitag 12.11. 09:00 - 16:00 Seminarraum 2.1, Biologie Djerassiplatz 1, 2.129, Ebene 2

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

- Best practices before and during bioinformatic work (e.g., naming samples, files, folders)
- Command line (bash) tips and tricks
- Code and data management using the version control software git and website GitHub
- Reproducibility and documentation of analyses (e.g. R markdown, Jupyter Notebook, snakemake)

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Active and continuous participation in class.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Presence and participation is mandatory.

Prerequisites: A basic understanding of bioinformatic work (ssh, Linux, bash) is required to join this class. An ssh client is required on the student’s computer. Bring your laptop.

Prüfungsstoff

There will be no exam. Evaluation is based on participation in class.

Literatur

- https://tldp.org/LDP/Bash-Beginners-Guide/html/
- https://git-scm.com/docs/user-manual
- https://guides.github.com/
- https://rmarkdown.rstudio.com/
- https://jupyter.org/
- https://snakemake.readthedocs.io/

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

PhD

Letzte Änderung: Di 24.01.2023 00:31