270274 UE Computer laboratory: Computersimulation of Biomolecules (2015S)

Vom pdb File zum CHARMM Input; Strukturmanipulation mit CHARMM; Energieberechnung und Minimierung; Einführung in die Molekulardynamik; Analyse von Trajektorien - Vergleich zu experimentellen Größen; Methodische Untersuchungen; Überblick über methodischen "State of the Art" (PME, NPT-Simulationen, ...); Aufsetzen eines solvatisierten Systems; Als realistische Anwendungen: Auswertung einer vorgerechneten Trajektorie eines solvatisierten Proteins; Freie Energieberechnungen: Veranschaulichung des Prinzips mittels Gasphasenrechnung; Verwendung von (NOE) Restraints in MD Simulationen; Strukturverfeinerung unter Verwendung von Restraints; Berechnung von NMR-Daten aus einer Simulation. Siehe auch http://www.mdy.univie.ac.at/lehre/nmr_sim.html