Universität Wien FIND

300106 UE DNA Barcoding (2019S)

A new approach to species identification in ecology and biodiversity research

10.00 ECTS (6.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Continuous assessment of course work

Details

max. 12 participants
Language: German

Lecturers

Classes

Vorbesprechung: Dienstag 05.03.2019 10:00 - 11:00 Hörsaal (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 14 EG E18

Datenerhebung im Labor: Montag 06.05.2019 bis Freitag 10.05.2019 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 14 1.OG 101

Datenauswertung am Computer: Montag 13.05.2019 bis Freitag 17.05.2019 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 14 1.OG 101

Abschlusspräsentationen: Freitag 24.05.2019 09:00 - 18:00 Hörsaal (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 14 EG E18


Information

Aims, contents and method of the course

Ziele: Die TeilnehmerInnen erhalten eine Einführung in die Gewinnung und Analyse von DNA-Sequenzen zur Artbestimmung (Barcoding) von Organismen (hauptsächlich Tiere oder Pflanzen).
Inhalte: Die TeilnehmerInnen erhalten einen Überblick über die weitreichenden Möglichkeiten des DNA-Barcoding in der Ökologie und Biodiversitätsforschung, sowie dessen Grenzen und Tücken im Vergleich zu traditionellen morphologischen Methoden.
Methoden: Die TeilnehmerInnen lernen alle Schritte von der DNA-Extraktion und PCR bis zur Sequenzierung (nach Sanger, Kettenabbruchmethode) ihrer Proben und ihnen werden die Tools vermittelt, einerseits um die Artzugehörigkeit der erhaltenen Sequenzen anhand von Vergleichen mit Gen-Datenbanken zu bestimmen, andererseits um Verwandtschaftsbäume (Stammbäume) zu erstellen.

Assessment and permitted materials

Es besteht Anwesenheitspflicht!
Der Vorbesprechungstermin gilt als erste Unterrichtseinheit und fällt somit grundsätzlich in die Anwesenheitspflicht! Eine Abwesenheit von angemeldeten Studierenden von der Vorbesprechung ohne vorherige Absprache (Email!) hat die Abmeldung von der Übung seitens des LV-Leiters zur Folge.
Da die Vorbesprechung als erste Kurseinheit gilt und somit die Kursteilname begonnen wurde, ist eine Abmeldung nach der Abmeldefrist (31.03.2019) nur mehr in begründeten Ausnahmefällen möglich (z.B. Arztbestätigung). Wird keine ausreichend begründete Rechtfertigung vorgelegt, muss diese Übung negativ beurteilt werden.

Ein zweimaliges entschuldigtes Fehlen während der beiden Übungswochen ist gestattet, somit in Summe zwei Tage (16 Stunden) für die gesamte Übungsdauer. Entschuldbare Gründe sind z.B. ein Arztbesuch mit Bestätigung oder ein zwingender Besuch anderer Lehrveranstaltungen oder Prüfungen.

Die Leistungskontrolle erfolgt über drei Teilleistungen (Mitarbeit, Präsentation, Protokoll). Aktive Mitarbeit und Abschlusspräsentation sind während des Blockkurses zu erbringen, das Protokoll ist zu einem späteren Zeitpunkt abzugeben.
Es ist zwingend ein Labormantel zu den Übungstagen (nicht zur Vorbesprechung) mitzubringen.

Vorteilhaft zur positiven Absolvierung sind:
(1) Grundlegende Laborerfahrung (z.B. Umgang mit Kolbenhub-Pipetten).
(2) Grundlegende Computererfahrung.
(3) Englisch-Kenntnisse zur Literaturauswertung.
(4) Fähigkeit zur Teamarbeit (üblicherweise in 2er Gruppen).

Abgabetermine für das schriftliche Protokoll:
Erster Termin: 14. Juni 2019 (mit Korrekturmöglichkeit).
Letzter Termin: 12. Juli 2019 (ohne Korrekturmöglichkeit).

Minimum requirements and assessment criteria

Mindestanforderungen für die positive Beurteilung basieren auf folgende Teilleistungen:
(1) Deutschkenntnisse, um dem Unterricht zu folgen.
(2) Aktive Mitarbeit während der Lehrveranstaltung.
(3) Abschlusspräsentation der Ergebnisse in Form einer PPT-Präsentation am letzten Tag der Übung (ca. 15 Min. Redezeit + 5 Min. Diskussion).
(4) Abfassen eines Protokolls im Stil einer wissenschaftlichen Publikation gemäß den Vorgaben der Lehrveranstaltungsleitung mit einem späteren Abgabetermin.

Beurteilungsmaßstab:
Jede Teilleistung wird eigenständig bewertet und fließt zu unterschiedlichen prozentualen Anteilen (Prozentpunkte) in die Gesamtbeurteilung der Lehrveranstaltung ein. Für eine positive Gesamtbeurteilung muss mindestens die Hälfte der Prozentpunkte jeder einzelnen Teilleistung erreicht werden.
Mitarbeit: 10%.
Präsentation: 30%.
Protokoll: 60%.

Examination topics

Es werden keine Zwischen- oder Endprüfungen abgehalten.
Die Präsentation und das Protokoll sind mit Kursinhalten und Zusatzliteratur anzufertigen.

Reading list

Paul D. N. Hebert, Alina Cywinska, Shelley L. Ball, Jeremy R. de Waard (2003): Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society London Series B 270, 313–321.

Alice Valentini, Francois Pompanon, Pierre Taberlet (2009): DNA barcoding for ecologists. Trends in Ecology & Evolution 24(2): 110-117.

Fupert A. Collins, Robert H. Cruickshank (2013). The seven deadly sins of DNA barcoding. Molecular Ecology Resources 13(6), 969–975.

Association in the course directory

BOE 12, BZO 12, MZO 2, BBO 9 , BMB 10, BMG 10, BPB 11, MBO 7, MEC-9, MES 5

Last modified: Tu 30.07.2019 09:08