Universität Wien FIND

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300115 UE DNA Barcoding (2020W)

A new approach to species identification in ecology and biodiversity research

10.00 ECTS (6.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Continuous assessment of course work

Registration/Deregistration

Note: The time of your registration within the registration period has no effect on the allocation of places (no first come, first serve).

Details

max. 12 participants
Language: German, English

Lecturers

Classes (iCal) - next class is marked with N

Die Übung wird, vorbehaltlich etwaiger Covid-Maßnahmen seitens der Universitätsleitung, als Vor-Ort-LV abgehalten und auf auf einen Ersatztermin im Jänner oder Februar verschoben.
Eine Umstellung auf Home- bzw. E-Learning ist nicht möglich.
Schutzmaßnahmen (Mindestabstände, Schutzmasken,...) könnten erforderlich sein.

Vorbesprechung: Mittwoch 07.10.2020 11:00 - 11:30 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 14 1.OG 101

Wahrscheinlichster Ersatztermin:

Datenerhebung im Labor: Montag 08.02.2021 bis Freitag 12.02.2021 09:00 - 18:00 Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 14 1.OG 102

Datenauswertung am Computer: Montag 15.02.2021 bis Freitag 19.02.2021 09:00 - 13:00 Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 14 1.OG 102

Abschlusspräsentationen: Freitag 19.02.2021 13:00 - 18:00 Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 14 OG 102

Wednesday 07.10. 11:00 - 11:30 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Monday 08.02. 09:00 - 17:00 Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Tuesday 09.02. 09:00 - 18:00 Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Wednesday 10.02. 09:00 - 18:00 Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Thursday 11.02. 09:00 - 18:00 Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Friday 12.02. 09:00 - 18:00 Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Monday 15.02. 09:00 - 17:00 Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Tuesday 16.02. 09:00 - 18:00 Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Wednesday 17.02. 09:00 - 18:00 Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Thursday 18.02. 09:00 - 18:00 Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Friday 19.02. 09:00 - 18:00 Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG

Information

Aims, contents and method of the course

Ziele: Die TeilnehmerInnen erhalten eine Einführung in die Gewinnung und Analyse von DNA-Sequenzen zur Artbestimmung (Barcoding) von Organismen (hauptsächlich Tiere oder Pflanzen).
Inhalte: Die TeilnehmerInnen erhalten einen Überblick über die weitreichenden Möglichkeiten des DNA-Barcoding in der Ökologie und Biodiversitätsforschung, sowie dessen Grenzen und Tücken im Vergleich zu traditionellen morphologischen Methoden.
Methoden: Die TeilnehmerInnen lernen alle Schritte von der DNA-Extraktion und PCR bis zur Sequenzierung (nach Sanger, Kettenabbruchmethode) ihrer Proben und ihnen werden die Tools vermittelt, einerseits um die Artzugehörigkeit der erhaltenen Sequenzen anhand von Vergleichen mit Gen-Datenbanken zu bestimmen, andererseits um Verwandtschaftsbäume (Stammbäume) zu erstellen.

Assessment and permitted materials

Es besteht Anwesenheitspflicht!
Der Vorbesprechungstermin gilt als erste Unterrichtseinheit und fällt somit grundsätzlich in die Anwesenheitspflicht! Eine Abwesenheit von angemeldeten Studierenden von der Vorbesprechung ohne vorherige Absprache (Email!) hat die Abmeldung von der Übung seitens des LV-Leiters zur Folge.
Da die Vorbesprechung als erste Kurseinheit gilt und somit die Kursteilname begonnen wurde, ist eine Abmeldung nach der Abmeldefrist (31.10.2020) nur mehr in begründeten Ausnahmefällen möglich (z.B. Arztbestätigung). Wird keine ausreichend begründete Rechtfertigung vorgelegt, muss diese Übung negativ beurteilt werden.

Ein zweimaliges entschuldigtes Fehlen während der beiden Übungswochen ist gestattet, somit in Summe zwei Tage (16 Stunden) für die gesamte Übungsdauer. Entschuldbare Gründe sind z.B. ein Arztbesuch mit Bestätigung oder ein zwingender Besuch anderer Lehrveranstaltungen oder Prüfungen.

Die Leistungskontrolle erfolgt über drei Teilleistungen (Mitarbeit, Präsentation, Protokoll). Aktive Mitarbeit und Abschlusspräsentation sind während des Blockkurses zu erbringen, das Protokoll ist zu einem späteren Zeitpunkt abzugeben.
Es ist zwingend ein Labormantel zu den Übungstagen (nicht zur Vorbesprechung) mitzubringen.

Vorteilhaft zur positiven Absolvierung sind:
(1) Grundlegende Laborerfahrung (z.B. Umgang mit Kolbenhub-Pipetten).
(2) Grundlegende Computererfahrung.
(3) Englisch-Kenntnisse zur Literaturauswertung.
(4) Fähigkeit zur Teamarbeit (üblicherweise in 2er Gruppen).

Abgabetermine für das schriftliche Protokoll:
Erster Termin: 19. März 2021 (mit Korrekturmöglichkeit).
Letzter Termin: 9. April 2021 (ohne Korrekturmöglichkeit).

Minimum requirements and assessment criteria

Mindestanforderungen für die positive Beurteilung basieren auf folgende Teilleistungen:
(1) Deutschkenntnisse, um dem Unterricht zu folgen.
(2) Aktive Mitarbeit während der Lehrveranstaltung.
(3) Abschlusspräsentation der Ergebnisse in Form einer PPT-Präsentation am letzten Tag der Übung (ca. 15 Min. Redezeit + 5 Min. Diskussion).
(4) Abfassen eines Protokolls im Stil einer wissenschaftlichen Publikation gemäß den Vorgaben der Lehrveranstaltungsleitung mit einem späteren Abgabetermin.

Beurteilungsmaßstab:
Jede Teilleistung wird eigenständig bewertet und fließt zu unterschiedlichen prozentualen Anteilen (Prozentpunkte) in die Gesamtbeurteilung der Lehrveranstaltung ein. Für eine positive Gesamtbeurteilung muss mindestens die Hälfte der Prozentpunkte jeder einzelnen Teilleistung erreicht werden.
Mitarbeit: 10%.
Präsentation: 30%.
Protokoll: 60%.

Examination topics

Es werden keine Zwischen- oder Endprüfungen abgehalten.
Die Präsentation und das Protokoll sind mit Kursinhalten und Zusatzliteratur anzufertigen.

Reading list

Paul D. N. Hebert, Alina Cywinska, Shelley L. Ball, Jeremy R. de Waard (2003): Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society London Series B 270, 313–321.

Alice Valentini, Francois Pompanon, Pierre Taberlet (2009): DNA barcoding for ecologists. Trends in Ecology & Evolution 24(2): 110-117.

Fupert A. Collins, Robert H. Cruickshank (2013). The seven deadly sins of DNA barcoding. Molecular Ecology Resources 13(6), 969–975.

Association in the course directory

BOE 12, BZO 12, MZO 2, BBO 9 , BMB 10, BMG 10, BPB 11, MBO 7, MEC-9, MES 5

Last modified: We 17.02.2021 11:49