300118 PP Bioinformatics in Mass Spectrometry (2011S)

10.00 ECTS (6.00 SWS), SPL 30 - Biologie

Continuous assessment of course work

Vorbesprechung am 15.3.2011 um 11.00 Uhr im Seminarraum 1320 (Dep.für molekulare Systembiologie)

Registration/Deregistration

Note: The time of your registration within the registration period has no effect on the allocation of places (no first come, first served).

Registration is open from Mo 07.02.2011 08:00 to Tu 22.02.2011 20:00
Deregistration possible until We 30.03.2011 20:00

Details

max. 22 participants

Language: German

Lecturers

Classes

Currently no class schedule is known.

Information

Aims, contents and method of the course

Beherrschung der theoretischen und praktischen Grundlagen der Massenspektrometrie. Einführung in die Proteomanalyse,Metabolomanalyse und Systembiologie. Bioinformatik der Proteine:Algorithmen zur Mustersuche,lokale und globale Alignments, Scoring Matrizen,wichtige Algorithmen(Needleman-Wunsch,Smith-Waterman,Fasta,Blast). Einführung in wichtige biologische Datenbanken (Aufbau,Funktion,Formate).
Bioinformatische Proteomanalyse: Datenerfassung,Analyse und Interpretation von Massenspektren .Identifikation von Peptiden in Datenbanken. Bioinformatische Metabolomanalyse: Rekonstruktion molekularer Netzwerke. Analyse molekularer Netzwerke.

Assessment and permitted materials

Minimum requirements and assessment criteria

Erwerben von Kenntnissen über: Spezielle Methoden der Biostatistik:Regressionsanalyse,
PCA,ICA. Erlangen der Qualifikation zur Bearbeitung und Visualisierung bioinformatischer Probleme/ Fragestellungen in der Skriptsprache Python,Struktur biologischer Datenformate, spezielle Algorithmen in der Proteom- und Metabolomforschung. Entwicklung einer automatisierten Annotations pipline.

Examination topics

Reading list

Association in the course directory

B-BOE 12, B-BOE 13, BOE 10, BOE 11, BOE 12

Last modified: Mo 07.09.2020 15:43