Universität Wien

300043 PP Script Programming in genome analysis (2019S)

common script languages for the analysis of sequence data

10.00 ECTS (6.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
Moodle

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Details

max. 20 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

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Vorbesprechung am 5.3.2019 von 10:00 bis 11:00 im Übungsraum 6, UZA I

  • Dienstag 05.03. 10:00 - 11:00 Übungsraum 6
  • Dienstag 19.03. 10:00 - 13:00 Übungsraum 6
  • Dienstag 26.03. 10:00 - 13:00 Übungsraum 6
  • Dienstag 02.04. 10:00 - 13:00 Übungsraum 6
  • Dienstag 09.04. 10:00 - 13:00 Übungsraum 6
  • Dienstag 30.04. 10:00 - 13:00 Übungsraum 6
  • Dienstag 07.05. 10:00 - 13:00 Übungsraum 6
  • Dienstag 14.05. 10:00 - 13:00 Übungsraum 6
  • Dienstag 21.05. 10:00 - 13:00 Übungsraum 6
  • Dienstag 28.05. 10:00 - 13:00 Übungsraum 6
  • Dienstag 04.06. 10:00 - 13:00 Übungsraum 6
  • Dienstag 18.06. 10:00 - 13:00 Übungsraum 6
  • Dienstag 25.06. 10:00 - 13:00 Übungsraum 6

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

In this practical course, students will learn the most common script languages used in bioinformatics. This will include basic setup of the languages and elementary functions such as data types, assignments, flow control, functions and procedures, debugging. More applied uses like sorting and searching, finding and using existing programming libraries, automating external programmes and web services and parsing results will be used. A notebook is needed (a few can be borrowed in the course)

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

A large programming project to be handed in afterwards

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

After the course, the students will know principles and techniques for construction of simple programs for solving problems in bioinformatics, using a common scripting programming language. The participants will have practical experience with implementation of text processing and parsing as well as communication with external programs from within a common scripting programming language. The method of work at the course will also train the participants to plan and complete projects.

Prüfungsstoff

The course will be in the form of lectures, followed by non-mandatory individual exercises. A larger applied exercise/project is given at the end of the course and is used for grading

Literatur

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

BOE 13

Letzte Änderung: Sa 22.10.2022 00:29