Universität Wien

300354 UE Molecular phylogenetics and phylogenomics (2021W)

5.00 ECTS (3.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
GEMISCHT
Moodle

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 10 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Die LV wird voraussichtlich hybrid (Teile in Präsenz, Teile online) abgehalten werden.

  • Freitag 08.10. 09:00 - 10:00 Digital
  • Donnerstag 21.10. 09:00 - 18:00 Hybride Lehre
    Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
  • Donnerstag 04.11. 09:00 - 18:00 Hybride Lehre
    Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
  • Donnerstag 25.11. 09:00 - 18:00 Hybride Lehre
    Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
  • Donnerstag 02.12. 09:00 - 18:00 Hybride Lehre
    Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
  • Donnerstag 13.01. 09:00 - 18:00 Hybride Lehre
    Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
  • Donnerstag 20.01. 09:00 - 18:00 Hybride Lehre
    Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
  • Donnerstag 27.01. 09:00 - 18:00 Hybride Lehre
    Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Aims: Students are familiar with different concepts and methods of phylogenetic-evolutionary analyses of DNA sequence data (single loci, phylogeneomic data, SNPs) and can apply those to questions in systematic and evolutionary biology

Content: Evolutionary analyses using free software packages (e.g., PAUP, RAxML, BEAST) with emphasis on phylogeny reconstruction, molecular dating and analysis of phylogenomic data, including coalescent methods.

Methods: Short introductory lectures; student exercises on provided data sets applying different methods

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Short protocols on home exercises (one exercise per course unit).
For protocols delivered until 14th February, feedback will be sent back to the students, allowing them to correct and improve the protocol (if necessary); protocols delivered after the 14th February will be graded as is. Only protocols delivered before the end of February will be considered.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

One home exercise per unit, each to be documented in the form of a short and concise protocol. Each protocol can get (on average) maximally 5 points, totaling 40 points for the entire course.

Minimum requirement for positive credit: 20.5 points

Credit key:
0-20 points: 5
20.5-25 points: 4
25.5-30 points: 3
30.5-35 points: 2
35.5-40 points: 1

Prüfungsstoff

Application of the concepts and methods presented during the course in the form of dedicated exercises (one per course unit)

Literatur

http://beast2.org/book.html
https://paup.phylosolutions.com
Lemey P et al. (eds), 2009: The Phylogenetic Handbook, 2nd ed. Cambridge Univ. Press
Yang Z, 2006: Computational Molecular Evolution. Oxford Univ. Press
Felsenstein J, 2004: Inferring Phylogenies. Sinauer

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MBO 5, MZO 2, MZO4, M-WZB

Letzte Änderung: Fr 12.05.2023 00:23